a identificação de sinapomorfias em grupos fósseis permite definir táxons parafiléticos, essenciais para representar grupos evolutivos completos nas árvores filogenéticas.

o uso de caracteres morfológicos na filogenia de fósseis é inviável para organismos que não possuem partes duras preservadas, sendo esses táxons automaticamente excluídos das análises cladísticas

cladogramas elaborados com dados paleontológicos representam hipóteses de parentesco, e não necessariamente relações cronológicas diretas de ancestralidade-descendência entre os táxons analisados.

as análises filogenéticas em Paleontologia dependem exclusivamente de dados moleculares extraídos de fósseis, sendo a morfologia uma ferramenta complementar e de menor relevância para reconstruções evolutivas.

o princípio da parcimônia é descartado em sistemática paleontológica, uma vez que o registro fóssil incompleto impede a inferência de hipóteses evolutivas otimizadas.