O principal desafio da agricultura familiar é trabalhar em seus sistemas tradicionais por modelos agrícolas intensivos, uma vez que o conhecimento local possui bastante relevânciaa para a adaptação às mudanças climáticas.

A agricultura familiar enfrenta como desafio a valorização, a transmissão e a integração do conhecimento tradicional com políticas públicas, assistência técnica e inovação tecnológica, de modo a fortalecer sistemas produtivos sustentáveis e resilientes.

A contribuição da agricultura familiar para a mitigação das mudanças climáticas diminui a necessidade de investimentos em pesquisa científica e extensão rural voltadas ao setor.

Os sistemas agrícolas familiares são ambientalmente sustentáveis por natureza, por isso apresentam poucos desafios relacionados à pressão econômica, ao acesso à terra ou à degradação ambiental.

O papel da agricultura familiar na conservação das paisagens rurais restringe-se a regiões pouco mecanizadas, sendo menos relevante em áreas marginais ou vulneráveis.