O Sistema Nacional de Auditoria (SNA) exerce o controle técnico e financeiro da aplicação dos recursos do SUS, avaliando também a qualidade e a resolubilidade das ações de saúde.

A auditoria do SUS possui caráter prioritariamente punitivo, buscando a cassação imediata do registro profissional dos médicos que cometem glosas administrativas.

As glosas aplicadas pela auditoria médica são definitivas e inapeláveis na esfera administrativa, devendo o prestador de serviços recorrer diretamente ao Poder Judiciário.

Por força do sigilo médico, o auditor médico do SUS é impedido de analisar prontuários de pacientes, devendo restringir sua avaliação exclusivamente às notas fiscais e faturas apresentadas.

A auditoria médica do SUS compete exclusivamente ao Ministério da Saúde, sendo vedada a criação de componentes estaduais ou municipais de auditoria para evitar conflito de competências.