O Conselho Escolar exerce função normativa sobre o sistema de ensino, enquanto o Conselho Municipal de Educação concentra sua atuação na aprovação do projeto político-pedagógico e do plano financeiro de cada escola.

O Conselho Escolar atua na unidade de ensino, participando de decisões administrativas, pedagógicas e financeiras, enquanto o Conselho Municipal de Educação exerce funções normativas, consultivas, deliberativas e fiscalizadoras.

O Conselho Escolar participa da formulação das diretrizes educacionais municipais, enquanto o Conselho Municipal de Educação delibera sobre questões pedagógicas internas e disciplinares das unidades escolares da rede.

O Conselho Escolar exerce controle externo sobre a administração educacional, enquanto o Conselho Municipal de Educação executa diretamente políticas pedagógicas e administrativas definidas pela Secretaria de Educação.