A Estação Ecológica foi criada em 1988 pelo Decreto nº 11.137, sendo estabelecida diretamente como Estação Ecológica sem passar por outras categorias de unidade de conservação anteriormente.

O fenômeno das águas emendadas corresponde à união das bacias hidrográficas do Tocantins/Araguaia e Platina, ocorrendo em uma vereda de 6 km de extensão onde nascem afluentes que drenam para esses dois sistemas hidrográficos.

A Lagoa Bonita localiza-se fora dos limites da Estação Ecológica, constituindo uma área de preservação independente que complementa a proteção da fauna ameaçada de extinção da região.

A área da Estação apresenta vegetação de Mata Atlântica preservada, abrigando espécies como anta, suçuarana e lobo-guará em um ambiente totalmente isolado de ocupações urbanas e atividades rurais.