As EFPC devem elaborar orçamento anual para o exercício seguinte, o qual deve ser aprovado pelo conselho deliberativo e contemplar as projeções das fontes de custeio e das despesas da gestão administrativa.

A aprovação final do orçamento anual e plurianual é atribuição do conselho fiscal, enquanto a diretoria executiva detém a responsabilidade de fiscalizar a execução orçamentária e os indicadores de gestão.

A constituição de fundo administrativo compartilhado obriga a entidade a elaborar orçamento plurianual abrangendo os cinco exercícios subsequentes ao período orçamentário corrente.

As entidades devem manter o orçamento anual sob sigilo estratégico, sendo vedada a sua disponibilização em sítio eletrônico na internet para evitar a exposição de planos de fomento e inovação a concorrentes.

O orçamento deve contemplar a projeção do resultado dos investimentos vinculados ao plano de gestão administrativa, sendo a projeção das despesas administrativas um elemento facultativo do instrumento de planejamento.