O condicionamento da Leucemia Linfóide Aguda (LLA) é ciclofosfamida e radioterapia de corpo inteiro.

O condicionamento das aplasias, em geral, é baseado no uso da fludarabina e de maior carga imunossupressiva.

Um dos protocolos mais usados no condicionamento dos linfomas não Hodgkin denomina-se BEAM.

Os condicionamentos dos TMO haploidênticos são de intensidade reduzida.

A ciclofosfamida pós-transplante tem sido usada tanto nas modalidades de TMO haploidêntico quanto nos TMO aparentados, mostrando resultados melhores.