as sondas fluorescentes têm aplicabilidade limitada devido às características e barreiras presentes durante a identificação de diferentes populações celulares, superfície celular de receptores, organelas intracelulares ou mesmo populações de células apoptóticas.

o uso do deslocamento de Stokes pode ser determinado pela diferença entre os comprimentos de onda máxima de absorção e emissão, entretanto, este parâmetro não permite determinar a qualidade de um fluorocromo.

as características importantes de um fluorocromo incluem o baixo espectro de absorção no qual um composto fluorescente pode ser excitado, e o baixo comprimentos de onda emitidos.

as sondas fluorescentes podem ser usadas em uma ampla gama de aplicações: identificação de diferentes populações celulares, superfície celular de receptores ou organelas intracelulares, classificação celular, imunofenotipagem, determinação do conteúdo de ácido nucleico, medição de atividade enzimática e populações de células apoptóticas.

o comprimento de onda de emissão de qualquer fluorocromo será sempre menor que seu comprimento de onda de excitação.