O CES/SC é composto por 23 membros titulares e seus respectivos suplentes, eleitos para mandatos de 3 anos.

O CES/SC poderá ter comissões intersetoriais, constituídas e estabelecidas pelo plenário, com a finalidade de articular políticas e programas de interesse para a área da saúde, cujas execuções envolvam áreas integralmente compreendidas no âmbito do SUS.

É facultado ao CES/SC, quando necessário ao melhor desempenho de suas funções, solicitar serviços especializados de assessoria técnica, devendo esses serviços serem internos à Secretária de Estado da Saúde.

É competência do CES/SC articular-se com a secretaria de Estado da Educação, Cultura e Desporto e com o Conselho Estadual de Educação quanto à criação de novos cursos de ensino superior na área da saúde, no que concerne à caracterização das necessidades sociais do Estado.

O CES/SC realizará bimestralmente uma reunião ordinária e reunir-se-á extraordinariamente sempre que convocado pelo seu Presidente ou por requerimento da maioria absoluta dos seus membros.