Na inativação fotodinâmica, a molécula do fotossensibilizador é excitada pela luz no comprimento de onda ideal até um estado tripleto e transfere energia do fóton para o oxigênio molecular, produzindo espécies reativas de oxigênio capazes de causar danos à membrana celular, ao DNA, oxidação de compostos orgânicos insaturados, como os lipídeos, além de inativarem enzimas essenciais ao microrganismo, o que resulta na morte dos patógenos na região marcada.