Na presença de traqueização esofágica e pontos de exsudato, o paciente deve ter suas biópsias esofágicas realizadas nesses pontos da alteração.

Na presença de esofagite erosiva logo acima da junção esofagogástrica com erosões confluentes em toda a circunferência do órgão e um prolongamento rosa salmão de 2 cm de extensão, o paciente deve ser biopsiado nesse momento pela suspeita de esôfago de Barrett.

Na presença de esofagite erosiva Los Angeles grau B e úlcera esofágica de 10 mm na transição esofagogástrica, o paciente deve realizar tratamento para a esofagite antes da biópsia da úlcera.

A presença de úlcera esofágica em terço superior do esôfago pode indicar impactação medicamentosa e justifica a odinofagia do paciente.

Na presença de placas esofágicas esbranquiçadas, confluentes e com halo enantematoso, considerando-se que o paciente não é imunossuprimido, a biópsia é dispensável, pois a principal suspeita é de resíduos esofágicos.