Agrotóxicos organoclorados, compostos integrantes da lista dos POPs, são adequados para análise por GC-MS ou GC-ECD devido à sua estabilidade térmica, volatilidade e presença de halogênios.

A análise de organofosforados por cromatografia gasosa não é possível devido à sua alta polaridade e à presença de grupos fosfato, que os tornam não voláteis.

A utilização de HPLC com detector UV não é adequada para análise de organoclorados porque esses compostos não possuem cromóforos que absorvem na região UV-visível.

Agrotóxicos organoclorados, como DDT e aldrin, são preferencialmente analisados por HPLC devido à sua alta polaridade e instabilidade térmica.

Organofosforados, como paration e malation, são idealmente analisados por GC-ECD (detector de captura de elétrons) devido à presença de átomos de cloro em sua estrutura.