A segregação escolar caracteriza-se exclusivamente pela existência de escolas ou classes especiais, não podendo ser identificada em contextos nos quais o aluno público-alvo da Educação Especial esteja formalmente matriculado na sala de aula comum, ainda que participe de atividades diferenciadas e paralelas ao currículo regular.

A segregação escolar ocorre quando a escola, ao invés de adaptar suas práticas pedagógicas, organizacionais e relacionais para atender à diversidade dos estudantes, transfere ao estudante ou ao atendimento especializado a responsabilidade pela adaptação, mantendo-o afastado, total ou parcialmente, do currículo comum, da convivência com os pares e dos processos efetivos de aprendizagem e participação.

Práticas como a retirada frequente do aluno da sala de aula comum, a oferta de atividades simplificadas e desvinculadas do currículo regular e a centralização do processo educativo no apoio especializado configuram estratégias adequadas de inclusão, desde que tenham como objetivo facilitar a rotina da sala e garantir o andamento do planejamento pedagógico do professor regente.

A segregação escolar pode ser compreendida como uma etapa necessária do processo de inclusão, uma vez que a separação temporária dos alunos público-alvo da Educação Inclusiva permite o desenvolvimento prévio de habilidades consideradas básicas, sendo a participação plena na sala comum condicionada à superação dessas dificuldades individuais.