A especificidade dos epítopos lineares não depende da sequência de aminoácidos presentes na estrutura primária de uma proteína.

A especificidade dos epítopos conformacionais é independente do dobramento tridimensional e da conformação dos epítopos lineares.

Estima-se que aproximadamente 90% de todos os epítopos antigênicos sejam epítopos lineares e, portanto, o foco na identificação de epítopos lineares é uma abordagem mais prática e vantajosa.

Epítopos antigênicos, frequentemente chamados de epítopos de células B, são estruturas moleculares contidas no antígeno que realizam interações específicas com os paratopos do anticorpo.

Vários algoritmos estão disponíveis atualmente para a predição de epítopos conformacionais, incluindo ABCpred, BCEPred, BCPreds, BepiPred, Bepitope, predição de epítopos de células B usando as ferramentas Support vector machine tool (Best), COBEpro, Linear B-cell epitope (LBtope), Linear Epitope Prediction System (Leps), Predictive Estimation Of Protein Linear Epitopes (People).