Na fase de infecção aguda, os sintomas podem simular um quadro gripal comum (febre alta, dores no corpo e mal-estar) e, por serem de caráter leve e temporário, frequentemente não são associados à infecção pelo HIV.

A infecção crônica (terceira fase) se estabelece com o enfraquecimento gradativo das defesas do organismo, levando ao aparecimento mais frequente de sinais como febre persistente, suores noturnos, diarreia prolongada e perda de peso inexplicada.

Na fase assintomática (segunda fase), como o sistema imunológico passa a controlar a replicação viral e o indivíduo não apresenta sinais visíveis por vários anos, ocorre a interrupção da transmissão do vírus para outras pessoas.

O estágio avançado (Aids) é alcançado na ausência de tratamento, quando a severa imunodeficiência permite o surgimento de doenças oportunistas (como tuberculose e pneumonia) e neoplasias, sendo a falta de diagnóstico precoce e a interrupção do tratamento os principais fatores de risco para essa evolução.