O espectrômetro de massas produz íons a partir de amostras líquidas diretamente no detector em alto vácuo.

Os íons da amostra carregados positivamente ou negativamente são separados com base na conformação espacial no analisador de massas.

Em espectrômetros de massas do tipo tandem, os íons selecionados no quadrupolo são fragmentados em uma célula de colisão, e os fragmentos resultantes são analisados em um segundo analisador.

O detector é responsável por separar os íons com base em sua razão massa/carga (m/z), convertendo os sinais elétricos em abundância relativa.

Os sinais elétricos provenientes dos íons detectados no analisador de massas são transmitidos para o computador para gerar o espectro de massas.