A cromatografia separa componentes com base em diferenças de carga elétrica, enquanto a eletroforese utiliza interações químicas entre fase móvel e fase estacionária.

Ambas as técnicas utilizam a mesma metodologia de separação, sendo diferenciadas apenas pelo tipo de amostra analisada.

A eletroforese separa moléculas com base em sua mobilidade em um campo elétrico, enquanto a cromatografia se baseia na interação diferencial dos compostos com uma fase móvel e uma fase estacionária.

A cromatografia é uma técnica utilizada apenas para separação de proteínas, enquanto a eletroforese é utilizada exclusivamente para análise de DNA.