A bipartite é composta por representantes da União e dos estados, enquanto a tripartite reúne representantes dos estados e dos municípios.

A tripartite é responsável apenas por ações de vigilância em saúde, enquanto a bipartite atua nas ações da atenção primária.

A bipartite é a instância de pactuação entre estados e municípios e a tripartite entre a União, os estados e os municípios.

A tripartite é subordinada à bipartite e deve homologar todas as pactuações realizadas no âmbito estadual.

Ambas as comissões intergestoras são instituições de suporte e consultoras, não possuem o poder de pactuar responsabilidade entre os membros federativos.