O software Biblivre utiliza uma estrutura proprietária de dados que impede a importação de registros bibliográficos no formato Machine Readable Cataloging − MARC 21.

O uso de softwares de gestão de bibliotecas em nuvem torna impossível a realização de inventários periódicos devido à falta de acesso físico ao banco de dados.

A automação de unidades de informação restringe-se ao controle de circulação de materiais, não oferecendo suporte para a gestão de orçamentos e aquisição de acervos.

O protocolo Information Retrieval Service Definition and Protocol Specification − Z39.50 permite a realização de buscas e a recuperação de registros entre sistemas de diferentes instituições.

A integração entre o catálogo online e o sistema de circulação ocorre de forma manual, exigindo que o funcionário atualize a disponibilidade de cada livro após a devolução.