O certificado de auditoria emitido pela unidade de controle interno deve se restringir aos eventos ocorridos no período examinado, não podendo incluir menção a eventos subsequentes a esse período, ainda que relevantes para a posição patrimonial da entidade examinada.

Os controles internos administrativos independem das ações do gestor público, visto que sua criação, manutenção e operacionalização diária são de responsabilidade direta e exclusiva dos auditores do SCI.

Os controles administrativos limitam-se ao arquivo cronológico de notas empenhadas, sendo vedado o estabelecimento de rotinas de segregação de funções ou limites de alçada para ordenadores de despesa.

A existência de controles internos administrativos robustos na unidade auditada impede a realização de exames ou auditorias externas por parte dos tribunais de contas, sob pena de duplicidade de fiscalização.