O princípio da universalidade do acesso – os serviços de saneamento são básicos para a Saúde Pública; consequentemente, devem ser acessíveis a toda a população, independentemente do nível socioeconômico, mas sendo implantado somente na área urbana.

O princípio da participação e controle social – os serviços e as ações de saneamento devem ser geridos sem a participação da sociedade, por meio dos diversos mecanismos de controle social existentes, afim de garantir a sustentabilidade das ações implementadas.

O princípio dos critérios de elegibilidade e prioridade, para aplicação de recursos financeiros, tendo como base critérios epidemiológicos e condições específicas – utilização de indicadores epidemiológicos para a definição de prioridades das ações de saneamento – somente os municípios com menos de mil habitantes poderão pleitear, por meio de convênios específicos, a utilização dos recursos disponíveis.

O princípio de integração das ações de saneamento e saúde – o planejamento, o desenvolvimento e a avaliação das ações de saneamento devem ser feitos em conjunto com o setor de Saúde, em todas as suas fases, de forma a maximizar o impacto positivo sobre as condições sanitárias da população.

Atualmente não existe nenhum princípio que oriente o programa de saneamento básico.