A responsabilidade pelo controle interno é exclusiva do Poder Legislativo, sendo vedado ao Poder Executivo manter sistema próprio de controle.

O sistema de controle interno deve apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional.

Os responsáveis pelo controle interno, ao tomarem conhecimento de irregularidade ou ilegalidade, não têm obrigação de dar ciência ao Tribunal de Contas da União.

O controle interno possui precedência hierárquica sobre o controle externo, podendo avocar processos e determinar a revisão de todos os atos de auditoria externa.

O controle interno limita-se à verificação da legalidade e legitimidade dos atos, sendo a fiscalização da economicidade, eficiência e eficácia competência exclusiva do controle externo.