A clorexidina apresenta maior estabilidade em sua forma básica livre, sendo pouco solúvel em água e ativa apenas em meio ácido.

A clorexidina atua exclusivamente contra bactérias gram-positivas aeróbias, não apresentando ação sobre microrganismos anaeróbios, fungos ou leveduras.

Concentrações de clorexidina inferiores a 0,12% são suficientes para reduzir significativamente a população de estreptococos do grupo mutans na saliva.

A ação antimicrobiana da clorexidina promove eliminação definitiva da microbiota oral, sem ocorrência de recolonização após a suspensão do uso.

O digluconato de clorexidina é a forma mais utilizada para uso bucal por ser solúvel em água, estável em pH fisiológico, dissociar-se em moléculas carregadas positivamente e exercer ação bactericida por desorganização da membrana plasmática bacteriana.