O tratamento de resíduos refere-se à aplicação de método, técnica ou processo que modifique as características dos riscos inerentes aos resíduos, reduzindo ou eliminando o risco de contaminação, de acidentes ocupacionais ou de danos ao meio ambiente.

O tratamento dos resíduos deve ser realizado somente no próprio estabelecimento gerador não sendo permitido o transporte para outro estabelecimento para fins de tratamento.

Os métodos comumente utilizados para inativação dos resíduos de saúde são aquecimento em água a 100oC, uso de álcool 40%, hipoclorito de sódio 0,1% associado a autoclavagem ou incineração.

A autoclavagem não é capaz de eliminar microrganismos. Os resíduos de saúde após autoclavagem sempre devem ser tratados com uso de radiação ionizante ou pirólise.

A segregação e descarte de resíduos perfurocortantes podem ser realizados em frascos de vidro reutilizado ou frasco de refrigerante PET (polietileno tereftalato).