A Conferência de Saúde possui caráter permanente e deliberativo, enquanto o Conselho de Saúde reúne-se a cada quatro anos para avaliar a situação de saúde.

O Conselho de Saúde é um órgão colegiado, permanente e deliberativo, enquanto a Conferência de Saúde ocorre periodicamente, com a finalidade de avaliar a situação de saúde e propor diretrizes para a formulação da política de saúde.

A Conferência de Saúde é composta exclusivamente por representantes do governo, e o Conselho de Saúde é formado apenas por representantes dos usuários do SUS.

O Conselho de Saúde tem função consultiva e fiscalizadora, enquanto a Conferência de Saúde exerce função deliberativa sobre a execução das políticas de saúde.