O SUS é financiado apenas pela União, cabendo aos estados e municípios apenas a execução dos serviços de saúde.

O orçamento da Seguridade Social destina ao SUS recursos definidos exclusivamente pelo Congresso Nacional, sem necessidade de participação da direção nacional do sistema.

O financiamento do SUS deve considerar critérios como perfil demográfico, epidemiológico, rede de serviços, desempenho e previsão de investimentos para definição de valores a serem transferidos a estados e municípios.

As receitas próprias do SUS, como taxas e multas, são incorporadas ao Tesouro Nacional e redistribuídas sem vinculação específica para a saúde.

É permitida a destinação de subvenções e auxílios a instituições privadas com finalidade lucrativa, desde que vinculadas ao SUS.