Cada Instituto Federal é organizado em estrutura multicampi, com proposta orçamentária anual identificada para cada campus e a reitoria, exceto no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios aos servidores.

A administração dos Institutos Federais terá como órgãos superiores os Colegiados de Cursos e o Conselho Superior.

O Conselho Superior, de caráter exclusivamente deliberativo, será composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.

Os Institutos Federais terão como órgão executivo a Reitoria, composta por 1 (um) Reitor e 8 (oito) Pró-Reitores.

Os Reitores serão nomeados pelo Presidente da República, para mandato de 5 (cinco) anos, permitida uma recondução, após processo de consulta à comunidade escolar do respectivo Instituto Federal, atribuindo-se o peso de 1/3 (um terço) para a manifestação do corpo docente, de 1/3 (um terço) para a manifestação dos servidores técnico-administrativos e de 1/3 (um terço) para a manifestação do corpo discente.