A coloração pela prata metenamina de Gomori é empregada principalmente para a demonstração de espiroquetas e vírus nos tecidos.

Na coloração de Gram, as bactérias Gram-positivas apresentam coloração rósea.

A coloração de Ziehl–Neelsen é utilizada para a identificação de bacilos álcool-ácido resistentes, como os agentes da tuberculose.

A coloração de Fite–Faraco evidencia fungos, que se apresentam corados em vermelho.

A coloração de Warthin–Starry é empregada rotineiramente para o diagnóstico da lepra.