As anomalias do primeiro arco branquial são as mais frequentes e geralmente se manifestam como cistos na borda anterior do músculo esternocleidomastoideo.

As anomalias do segundo arco branquial correspondem à maioria das malformações branquiais e costumam se apresentar como cistos, seios ou fístulas na região cervical lateral, ao longo da borda anterior do músculo esternocleidomastoideo.

As fístulas do segundo arco branquial terminam, em sua maioria, no assoalho da boca.

As anomalias dos arcos branquiais apresentam regressão espontânea na infância, não sendo indicado tratamento cirúrgico.

Os cistos branquiais localizam-se tipicamente na linha média do pescoço, sendo clinicamente indistinguíveis dos cistos do ducto tireoglosso.