Devido à floresta, todos os rios amazônicos são naturalmente eutróficos e de alta condutividade (> 100 µS/cm), independentemente de sua cor ou origem geológica.

Águas brancas, como as do rio Solimões, provêm de escudos cristalinos e sua cor deve-se à matéria orgânica dissolvida, sendo pobres em nutrientes e de pH extremamente ácido.

Águas pretas, como as do rio Negro, drenam solos arenosos e igapós, têm pH ácido (< 5,0) e baixa produtividade (oligotrofia), e sua cor escura deve-se à presença de substâncias húmicas.

Em lagos de várzea, a friagem e a decomposição na cheia geram supersaturação de oxigênio em toda a coluna, eliminando anoxia e favorecendo peixes sensíveis.

Águas claras, como as do rio Tapajós, caracterizam-se por altíssima turbidez de sedimentos andinos, o que impede a penetração de luz e inibe totalmente o fitoplâncton.