ao fato de que, na transgenia clássica, a inserção do DNA exógeno ocorre por recombinação homóloga em sítios previamente definidos do genoma, enquanto os sistemas CRISPR-Cas promovem quebras aleatórias de dupla fita e dependem exclusivamente de reparo não homólogo para incorporar o material genético desejado.

ao uso, nos sistemas CRISPR-Cas, de um complexo formado por proteína Cas e RNA guia que reconhece por complementaridade uma sequência específica de DNA e direciona a quebra de dupla fita a esse sítio, ao passo que, na transgenia clássica, o DNA inserido por vetores virais ou plasmidiais integra-se principalmente por recombinação não homóloga em regiões pouco previsíveis do genoma.

à maior fidelidade das DNA polimerases presentes em células tratadas com CRISPR-Cas, que reduzem espontaneamente a taxa de mutações durante a replicação, enquanto na transgenia clássica as mesmas enzimas apresentam menor capacidade de correção de erros, gerando inserções em múltiplas cópias.

à capacidade exclusiva da transgenia clássica de utilizar sequências sinal específicas (PAM) para reconhecer alvos no genoma, enquanto os sistemas CRISPR-Cas dependem de promotores constitutivos inespecíficos para integrar fragmentos de DNA em qualquer região cromossômica disponível.