A epifluorescência é ideal para a observação de estruturas vivas e não coradas, enquanto o contraste de fase exige a coloração com fluoróforos.

Ambas as técnicas empregam luz ultravioleta para excitar a amostra e produzir contraste.

A epifluorescência baseia-se na emissão de luz por fluoróforos, enquanto o contraste de fase converte diferenças de fase em variações de intensidade luminosa.

O contraste de fase é mais adequado para a visualização de moléculas específicas marcadas com corantes fluorescentes, enquanto a epifluorescência é utilizada para a observação de estruturas transparentes.

Ambas as técnicas são igualmente eficazes para a observação de amostras espessas e opacas.