Os IBP são contraindicados na gestação, pois podem aumentar o risco de abortamentos espontâneos.

O refluxo gastroesofágico não complicado é considerado um processo fisiológico em lactentes e deve ser manejado, preferencialmente, por educação e orientação aos pais, sem intervenção medicamentosa.

O único IBP aprovado no Brasil para uso em crianças a partir de um ano de idade para o tratamento de doença do refluxo gastroesofágico é o pantoprazol.

Os IBP aceleram a cicatrização de úlceras pépticas provocadas por H. Pylori e previnem a recorrência da doença.

Os IBP não são recomendados para o tratamento de dispepsia não ulcerosa, pois são menos eficazes que os antiácidos comuns e os antagonistas H₂.