O uso do Sisaud/SUS pelos estados e municípios ocorre por adesão, podendo cada ente federativo habilitar-se voluntariamente ao sistema.

A adesão ao Sisaud/SUS é obrigatória para os municípios brasileiros, sendo condicionada ao repasse de recursos federais.

Os estados podem aderir voluntariamente ao Sisaud/SUS, mas os municípios só podem utilizar o sistema após autorização expressa do Ministério Público Federal.

O sistema é de uso exclusivo do componente federal do SNA, não sendo permitido seu acesso por estados e municípios.

A habilitação ao Sisaud/SUS pelos municípios depende da comprovação de capacidade tecnológica mínima auditada pelo Denasus, sem possibilidade de adesão voluntária.