Usar INSERT individual para cada linha do CSV (uma instrução INSERT por registro).

ler o CSV em PHP (ou outra linguagem de script) e fazer INSERT agrupado, por exemplo, em lotes de 100 registros.

importar via LOAD DATA INFILE (ou usando mysglimport) apontando diretamente para o arquivo CSV.

inserir 05 dados em uma tabela temporária via INSERT e depois fazer INSERT .. SELECT para mover para a tabela final com índices ativos.

exportar o CSV em SQL (transformar cada linha em INSERT no arquivo .sql) e importar o .sql via phpMyAdmin.