Orienta-se que, após a desinfecção, os endoscópicos sejam armazenados em armários limpos, secos e ventilados, enrolados em campos, sem válvulas e tampas.

Para lavagem e limpeza dos endoscópios, podese utilizar detergente com ou sem enzimas ou detergente contendo substâncias antimicrobianas, recomendando-se detergentes que produzam espuma.

Os aparelhos de endoscopia são classificados como materiais semicríticos, devendo ser submetidos à desinfecção de alto nível após limpeza mecânica e secagem, em sala específica para limpeza.

Preconiza-se a utilização de recipientes distintos para desinfecção de gastroscópio e colonoscópio.

O enxágue do endoscópio após a desinfecção de alto nível para a remoção do desinfetante deve ser feito com água estéril.