Para produzir suas moléculas orgânicas, as bactérias podem obter carbono a partir do gás CO2 ou a partir de substâncias orgânicas. Quanto à fonte de energia que utilizam, as bactérias podem utilizar a luz solar ou a energia originada de reações de oxidorredução de substâncias orgânicas ou de substâncias inorgânicas. Assim, de acordo com a fonte de carbono e com a fonte de energia que utilizam, as bactérias são classificadas em: