Considere um conjunto de dados de expressão gênica de 12.000 genes em 100 amostras de tecido, de indivíduos- controle e doentes. Qual das seguintes técnicas de análise de dados biológicos multidimensionais é a mais adequada para identificar os genes que estão diferencialmente expressos entre as duas condições?

Montagens de genomas bacterianos, a partir de dados de NGS (Next Generation Sequencing), podem ser realizadas por duas principais abordagens: de novo ou mapeamento por referência. Abaixo são apresentadas possíveis etapas de um pipeline para montagem de um genoma bacteriano, a partir de sequências provenientes de um sequenciamento em uma plataforma NGS. Sobre esse tema, assinale a afirmativa correta.

Em um conjunto de genomas totais sequenciados de pacientes com diferentes tipos de tumores, será realizada a análise de eventos epigenômicos presentes nesses genomas. Para essas buscas, é correto afirmar

Um pesquisador recebeu dados de um projeto contendo short, long e ultra-long reads advindas de sequenciamentos de genomas humanos. O primeiro objetivo do pesquisador é empregar um montador híbrido para a montagem dos genomas. Para isso, o pesquisador deve observar

Considere uma rede de interações proteína-proteína (PPI) com 200 proteínas. As proteínas são representadas por vértices, e as interações, por arestas. Considere as seguintes afirmações sobre a análise topológica das redes.

I - A análise de centralidade (centrality analysis) fornece uma estimativa da importância de um vértice para a conectividade ou fluxo de informações da rede.

II - O grau das arestas pode ser usado como uma estimativa aproximada da centralidade.

III - A centralidade de proximidade (closeness centrality) é uma medida que estima a rapidez com que o fluxo de informações passa por um determinado vértice para outros vértices.

IV - A rede obtida é necessariamente acíclica.

V - Os vértices com alta centralidade de intermediação (betweenness centrality) oferecem informações sobre o controle do fluxo de informações. Esses nós podem representar proteínas importantes nas vias de sinalização e podem formar alvos para a descoberta de medicamentos.

Quais estão corretas?

Qual das alternativas abaixo NÃO apresenta uma competência da Comissão de Ética no Uso de Animais (CEUA)?

Considere as seguintes afirmações sobre redes biológicas.

I - Redes de coexpressão representam as interações entre genes com base na correlação entre seus níveis de expressão.

II - Redes de interações proteína-proteína representam as interações diretas entre proteínas.

III - Redes de interações entre genes e proteínas representam as interações indiretas entre genes, mediadas por proteínas.

IV - Análises de redes biológicas podem ser usadas para identificar genes ou proteínas com funções importantes em um sistema biológico.

Quais estão corretas?

A elaboração de um projeto de pesquisa com a utilização de animais deve levar em consideração aspectos relacionados ao bem-estar animal. Assinale a alternativa que contém uma consideração em DESACORDO com esses aspectos.

Um bioinformata recebeu dados de polimorfismos de nucleotídeo único de 300 pacientes saudáveis e de 1.200 pacientes com uma doença neurodegenerativa. Foi utilizado o algoritmo Random Forest para indução de um modelo lógico-matemático de classificação. Qual das seguintes métricas é a mais confiável para avaliar a qualidade do classificador induzido?

Um pesquisador decidiu usar técnicas estatísticas para identificar genes que estão associados a um determinado tipo de doença. O pesquisador obteve dados de expressão gênica de pacientes com a doença e de uma amostra de pacientes saudáveis. Ele usou um teste de hipótese para comparar a expressão gênica nas duas condições. O teste de hipótese fornece um p-valor de 0,05. Sobre uma possível conclusão desse teste, assinale a alternativa correta.