Para o cumprimento de suas atribuições e alcance de suas finalidades, o SCI deve realizar suas atividades com foco nos resultados da ação governamental. Para tanto, deve utilizar metodologia de planejamento específica, que considere os programas de governo fator básico de organização da função pública, e a gestão pública, mobilização organizacional para o alcance desses resultados.

Admite-se restringir o fornecimento de informações e documentos sigilosos ou confidenciais aos servidores do sistema de controle interno, ainda que no desempenho de atribuições inerentes às atividades de auditoria e fiscalização.

Os assessores especiais de controle interno devem encaminhar, no prazo previsto em lei, à Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda, antes mesmo que o respectivo ministro de estado tome deles ciência, os fatos irregulares de que tiverem conhecimento. Caso a comunicação não ocorra no prazo determinado, os assessores especiais responderão solidariamente com os responsáveis pelas irregularidades.

Ao constatarem que houve prejuízo à União, os órgãos e as unidades do SCI deverão encaminhar o processo ao TCU, ou, se for o caso, à Controladoria Geral da União (CGU), para que sejam tomadas as providências com vistas ao ressarcimento ao erário.

Nos ministérios, o apoio à supervisão e ao controle externo dos assuntos de sua missão institucional é atribuição da Secretaria Federal de Controle Interno (SFC).

Até a criação de seu órgão próprio, as atividades de controle interno da Advocacia Geral da União são desempenhadas pela Secretaria de Controle Interno da Casa Civil.

Compete à Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda, além de avaliar o cumprimento das metas estabelecidas no PPA e na LDO, promover a integração do SCI com outros sistemas da administração pública federal.

A área de atuação da Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda abrange, além das funções de órgão central, todas as unidades e as entidades do Poder Executivo federal, excetuadas aquelas jurisdicionadas pelos órgãos setoriais, como o sistema de controle interno dos comandos militares, jurisdicionado pela Secretaria de Controle Interno do Ministério da Defesa.

Cabe ao SCI, nos casos em que a execução das ações ocorra de forma descentralizada, orientar os municípios acerca dos mecanismos de controle social de gastos; nos casos em que a execução for centralizada, o SCI, além de orientar, também avalia, posteriormente, os mecanismos de controle social dos gastos previstos nos programas de governo.

Enquanto ao SCI compete a avaliação de documentos e o acompanhamento da execução orçamentária registrada nos sistemas informatizados, as diligências, para obter informações e esclarecimentos dos gestores públicos sobre as razões que levaram à prática, pelos agentes públicos, de atos orçamentários, patrimoniais ou operacionais irregulares, são responsabilidades do controle externo.