Em eventual conflito aparente de normas, tanto o CPM quanto a lei ordinária que estabeleça tipos penais militares devem prevalecer sobre a legislação comum, em decorrência do princípio da especialidade.

Ao contrário da lei penal comum, o CPM em vigor considera imputável o maior de 16 anos, a exemplo de alunos de colégios ou outros estabelecimentos de ensino sob direção e disciplina militares. Diante da prática de um ilícito penal militar, esses alunos ficam sujeitos às sanções penais e disciplinares previstas no CPM.

O CPM adotou para o local e o tempo do crime, entre outras correntes teóricas, a teoria da ubiquidade, que considera como local e tempo do crime tanto aqueles em que foi desenvolvida a ação ou omissão, como aqueles nos quais foi produzido o resultado.

As leis excepcionais e temporárias, mesmo depois de revogadas, continuam sendo aplicadas aos fatos praticados durante sua vigência, o que não se contrapõe às regras constitucionais que norteiam o direito penal militar, a exemplo da irretroatividade da lei penal.

A citação é ato de comunicação processual por meio do qual se dá ciência ao réu da ação ajuizada, para que ele venha integrar a relação jurídica processual e nesta produza a sua defesa. Se verificar que o réu se oculta para não ser citado, o oficial de justiça deverá certificar a ocorrência e proceder à citação com hora certa, nos termos da legislação processual civil.

No procedimento dos crimes funcionais, a citação do funcionário público, ordenada pelo juiz após o recebimento da denúncia, deve ser realizada por mandado e efetivada por intermédio do chefe imediato do respectivo serviço.

A prisão preventiva pode ser decretada em qualquer fase da persecução penal. A apresentação espontânea do acusado à autoridade policial não impede a sua decretação, nos casos em que a lei a autoriza.

A lei processual penal considera em flagrante delito aquele que é perseguido pela autoridade, pelo ofendido ou por qualquer pessoa, logo após cometer infração penal, e ainda quem é encontrado com instrumentos, armas e objetos ou papéis que façam presumir ser ele autor da infração. Nessas situações, a autoridade policial tem o dever legal de prender o agente do fato delituoso.

A regra geral estabelecida no ordenamento jurídico brasileiro, no que diz respeito a provas, é a inadmissibilidade das provas ilícitas no processo penal, assim entendidas as obtidas com violação das normas constitucionais ou legais. As provas ilícitas devem, portanto, ser desentranhadas dos autos do processo.

O foro por prerrogativa de função assegura a determinados agentes públicos e aos detentores de mandatos eletivos o direito de serem julgados por tribunais específicos. No caso de um prefeito municipal e dois deputados federais, em concurso de agentes, praticarem crimes contra a administração pública, o juízo competente será o Superior Tribunal de Justiça.