Secagem ao ponto crítico e metalização são etapas empregadas para o preparo de amostras biológicas destinadas, exclusivamente, à microscopia eletrônica de varredura.

Por conter formaldeído (37-40%) e metanol (11-16%) em sua composição, a formalina tem efeito deletério no citosol e nas membranas das células, extraindo boa parte do seu conteúdo.

Define-se microtomia como um conjunto de procedimentos aplicados a amostras biológicas, com a finalidade de marcar, especificamente, proteínas com o uso de ouro coloidal.

A avaliação da espessura de um corte em ultramicrótomo é realizada mediante a identificação da sua respectiva cor.

O etanol expõe os seguimentos hidrofílicos das proteínas, mantendo intactas as suas estruturas terciárias, o que contribui para a sua preservação.

A fixação por perfusão é o método mais utilizado para a fixação de órgãos e tecidos, em especial, de epitélios superficiais, sendo fundamental a imersão da amostra no fixador logo após a sua retirada do organismo.

A imersão em meio criogênico, o congelamento por impacto, o congelamento sob alta pressão e a substituição a frio são métodos empregados na criofixação de materiais biológicos.

Na etapa denominada de inclusão, em que as amostras biológicas são preparadas para ser incluídas em parafina e, posteriormente, observadas em microscópio de luz, o conteúdo hídrico da amostra é substituído, geralmente, por etanol ou acetona.

O tamanho da amostra, o tempo de remoção da amostra de sua fonte e o tipo de fixador são fatores que devem ser considerados na preservação de amostras biológicas para microscopia.