Uma copa fraca sinaliza que a árvore, apesar de ter sucumbido à concorrência e estar condenada irreversivelmente à morte em poucos anos, apresenta grande probabilidade de produzir sementes férteis, imprescindíveis para o processo de regeneração natural.

Após selecionar e marcar as espécies comercializáveis, o madeireiro corta os cipós ao redor das árvores, para reduzir os danos à vegetação subjacente durante a derrubada. O alcance dos cipós é grande, podendo constituir de 25% a 30% da cobertura florestal e, caso eles permaneçam amarrados às árvores que serão cortadas, com a derrubada, podem surgir grandes buracos na cobertura vegetal, com danos a árvores novas e a mudas potencialmente comercializáveis.

A composição florística de uma floresta secundária depende de fatores como o histórico de uso da terra (ciclos de corte e queima, manejo do solo, banco de sementes), condições climáticas e distância de fontes de biodiversidade.

Para o monitoramento do manejo florestal, é indispensável o inventário de todas as árvores de cada parcela, com numeração de todas elas, identificação da espécie, medida do DAP e estimativa da altura útil do tronco e da qualidade da copa. Com sucessivos inventários da parcela, é possível mensurar adequadamente o sequestro de CO2 ao longo do ciclo de manejo a partir da quantidade de carbono (C) contida nos troncos das árvores retiradas na intervenção inicial. Cada tora de madeira deve conter cerca de 2,4% de carbono, já descontadas as quebras na serraria e madeiras moles.

Para o produtor ou empresário florestal, as principais vantagens dos STAs incluem redução dos custos de implantação e de manutenção inicial de seus povoamentos, mediante a receita produzida pela cultura intercalar.

As desvantagens dos sistemas SATs, incluem aumento na competição entre os componentes vegetais, danos mecânicos na colheita e nos tratos culturais, danos causados pelo componente animal, alelopatia, criação de hábitat para pragas e doenças, aumento nos custos de plantio e capinas e dificuldade de mecanização.

Nem todas as combinações de árvores, cultivos agrícolas e animais alcançam os objetivos da sustentabilidade, do incremento na produção e dos benefícios para a população rural, o que leva à necessidade de ativar procedimentos metodológicos para avaliar os níveis de sustentabilidade dos STAs.

As características mais importantes dos STAs são a estabilidade e a sustentabilidade ecológica e, com base nos princípios da diversidade biológica e no emprego de reduzido número de espécies, os STAs alcançam estabilidade ecológica, economicidade e brevidade do sistema, por meio do uso descontinuado de diversas áreas.

A heliofilia de uma espécie pode ser preliminarmente inferida da análise de sua distribuição diamétrica. Espécies sem indivíduos nas classes de tamanhos menores ou com distribuição descontínua são chamadas pioneiras e são fortemente heliófilas. Espécies cuja distribuição diamétrica têm forma intermediária entre os extremos quanto ao tamanho são chamadas oportunistas, e podem ser de grandes ou de pequenas clareiras, conforme demandem mais ou menos luz para se estabelecerem.

As principais diferenças entre os ambientes na clareira e sob o dossel fechado incluem o aumento na luz e mudanças na sua qualidade; aumento da temperatura e disponibilidade de nutrientes vindos de plantas mortas decompostas. Essas mudanças no meio físico alteram a biocenose, pois mudas estabelecidas morrem devido à sensibilidade à luz, plantas de espécies pioneiras aparecem e outras maximizam o crescimento.