Sendo assegurada a pluralidade de orientações religiosas, os estabelecimentos de ensino podem organizar cursos livres ou de extensão orientados para o ensino religioso, cujo currículo e orientação religiosa serão estabelecidos pelas próprias instituições, fornecendo aos alunos um certificado que comprove os estudos realizados e a formação recebida.

Conforme parecer do Conselho Nacional de Educação, o Brasil possui enorme diversidade de crenças religiosas em sua população, frequentemente contraditórias umas em relação às outras, e muitas delas ainda não organizadas nacionalmente.

Segundo a nova redação da Lei n.º 9.394/1996, o ensino religioso é parte integrante da formação do cidadão.

O ensino religioso nas escolas oficiais é previsto em lei, porém em instituições militares é proibida qualquer forma de assistência religiosa confessional.

Uma vez que o ensino religioso ganha espaço no meio acadêmico, ou seja, se submete ao conhecimento científico, cabe à disciplina questionar, analisar e emitir juízo de valor para cada tradição religiosa ou filosófica em busca da verdade objetiva sobre o conhecimento religioso.

A formação do estudante, do ponto de vista do ensino religioso, está diretamente relacionada à elaboração e prática do currículo disciplinar, bem como à formação do professor da disciplina. Por essa razão, cabe às confissões religiosas elaborar currículos e conceder formação adequada aos profissionais da área.

Dada a grande quantidade de pessoas que professam a fé cristã em território brasileiro (em torno de 70% a 80%), segundo dados do IBGE (anos de 1991 e 2000), o ensino religioso nas escolas oficiais deve tomar como base elementos da fé cristã para sua execução curricular.