A água é a matéria-prima mais utilizada na farmácia de manipulação e deve seguir padrões rigorosos de qualidade. Para a manipulação de preparações não estéreis (como cápsulas e xaropes), a RDC 67/2007 exige que a água potável passe por tratamento específico para atingir, no mínimo, os parâmetros de qualidade da água: