A candidíase esofágica é identificada por infiltrado inflamatório brando, ausência de necrose e presença de hifas septadas com ramificação dicotômica regular em ângulo agudo.

A esofagite química apresenta, como característica histológica marcante da fase aguda, a infiltração linfocítica intensa e difusa na mucosa associada à necrose completa da parede.

A presença de inclusões virais citoplasmáticas em células epiteliais multinucleadas nas bordas da úlcera é achado típico da infecção por citomegalovírus (CMV).

A esofagite por refluxo distingue-se da eosinofílica pela ausência completa de eosinófilos, mesmo nos casos mais graves, sendo o infiltrado predominantemente neutrofílico.

A esofagite eosinofílica é caracterizada histologicamente por denso infiltrado de eosinófilos intraepiteliais, especialmente nas camadas mais superficiais, frequentemente dispostos em agregados ou lâminas.