É um mecanismo de captação de recursos (doações) para apoio a projetos que estejam em consonância com políticas já aprovadas pelo governo brasileiro.

A captação de recursos é baseada na efetiva redução de emissões de dióxido de carbono (CO2), ou seja, é preciso comprovar a redução de emissões na Amazônia para viabilizar a captação de novos recursos.

Até 20% dos recursos do Fundo Amazônia podem ser utilizados no desenvolvimento de sistemas de monitoramento e controle do desmatamento no Brasil fora da Amazônia Legal e em outros países tropicais.

Foi criado inicialmente para promover a preservação do espaço indígena brasileiro, que corresponde a 49% do território nacional, passando posteriormente a compartilhar seus recursos com os países vizinhos ao Brasil, mediante acordo comercial.