A Imunnofluorescência Indireta pode ser empregada para a pesquisa de anticorpos séricos específicos para determinado patógeno e também para a pesquisa de autoanticorpos séricos utilizando-se as lâminas com células HEp-2.

Constituem amostras utilizadas na técnica de Imunofluorescência Indireta: raspados de tecidos, biópsias, células esfoliadas, sangue, soro sanguíneo, urina e linfa.

A técnica de Imunofluorescência Direta é um método semi-quantitativo para determinação e identificação de antígenos microbianos ou patógeno na amostra biológica, sendo também empregada na detecção de autoantígenos humanos no soro sanguíneo.

O conjugado utilizado na Imunofluorescência Direta é um anticorpo monoclonal associado a fluorocromo que se liga de forma não covalente ao antígeno alvo da amostra, produzindo fluorescência no final da reação.