Nos Comitês de Bacia Hidrográfica de bacias de rios fronteiriços e transfronteiriços de gestão compartilhada, a representação da União deverá incluir um representante do Ministério de Meio Ambiente.

Nos Comitês de Bacia Hidrográfica de bacias cujos territórios abranjam terras indígenas devem ser incluídos representantes da Fundação Nacional do Índio - FUNAI, como parte da representação da União.

O Conselho Nacional de Recursos Hídricos será gerido por um Presidente, que será o Ministro titular do Ministério do Meio Ambiente, dos Recursos Hídricos e da Amazônia Legal.

Compete à Secretaria Executiva do Conselho Nacional de Recursos Hídricos prestar apoio administrativo, técnico e financeiro ao Conselho Nacional de Recursos Hídricos.