As Gram-positivas possuem uma camada espessa de pep tidoglicano, já as Gram-negativas possuem uma camada mais delgada dessa macromolécula.

As exotoxinas são toxinas produzidas principalmente por bactérias Gram-positivas, embora também possam ser produzidas por Gram-negativas.

Os ácidos teicoicos e lipoteicoicos são frequentemente encontrados em alta concentração na parede celular de Gram-negativas.

O espaço periplasmático é uma região distinta, situada entre a membrana citoplasmática e a membrana externa, sendo mais proeminente e desenvolvido em bactérias Gram-negativas.

Na membrana externa das Gram-negativas, encontramos o lipopolissacarídeo (LPS).