O objetivo imediato da construção do Forte do Presépio era servir como base para a expulsão de holandeses, franceses e espanhóis da foz do Amazonas.

O Forte do Presépio tornou-se o núcleo da ocupação militar na embocadura do rio Amazonas e foi a base para a criação do povoado de Nossa Senhora de Belém.

Simultaneamente à ereção do Forte do Presépio, a Coroa lusa consolidou sua presença com a construção do Forte da Barra, do outro lado da baía do Guajará.

Francisco Castelo Branco foi enviado para defender o litoral Norte e fundar a capitania de Feliz Lusitânia, permitindo a expulsão dos Tupinambás da região.

A ocupação do limite mais setentrional da colônia foi possibilitada, também, pela criação de uma unidade administrativa diretamente vinculada à metrópole portuguesa: o Estado do Brasil.